Cuando Bryan Singer decidió realizar Superman Returns en detrimento de los X-Men, cuyas dos primeras aventuras había dirigido con éxito, puso en aprietos a los productores de la saga mutante.
Despues de que Alex Proyas (Dark City) rechazase X-Men 3, 20th Century Fox apostó precipitadamente por Matthew Vaughn (1971). Vaughn sólo ha realizado hasta ahora un filme, Layer Cake, thriller sobre mafiosos que en principio iba a rodar Guy Ritchie (Snatch), con el que Vaughn ha trabajado habitualmente como productor.
X-Men 3 contaba con la participación de todos los actores implicados en X-Men y X2, y además se estaban concretando las presencias de Vinnie Jones (Mean Machine) como Juggernaut, Kelsey Grammer (Frasier) como la Bestia, y Maggie Grace como Gata Sombra.
Sin embargo, Vaughn acaba de anunciar que abandona el proyecto porque no desea pasar un año entre Vancouver y Los Ángeles, lugares donde tendrán lugar el rodaje y la pos-producción de X-Men 3. Hay que recordar que Vaughn vive en Londres, y que ha formado allí una familia de dos hijos con la modelo Claudia Schiffer.
A pesar de este percance, 20th Century Fox mantiene por ahora la fecha de estreno prevista para el filme, 26 de mayo de 2006.